Misjonen hadde fra starten av to hovedlinjer i sitt arbeid. 

Den ene var arbeidet med barna, som bestod i å fjerne barna fra deres familier for å plassere dem i barne- eller fosterhjem. Den andre var arbeidet med å få voksne og familier bort fra omstreiferlivet gjennom fast bosetting. Begge hovedlinjene hadde kulturell assimilering som mål.

Mens «barneredningsarbeidet» ble gjennomført med hjemmel i Vergerådsloven av 1896, var bosettingsarbeidet hjemlet i Løsgjengerloven av 1900. Gjennom disse to lovene skulle Misjonen og myndighetene få slutt på «omstreiferondet».

Walnum mente at grunnen til at Eilert Sundt ikke hadde lykkes var at arbeidet skjedde uten en klar plan, og uten at staten hadde brukt makt for å gjennomføre den. Samspillet mellom foreningens frivillige arbeid og myndighetenes maktutøvelse var selve kjernen i arbeidet.

«Strenghet og mildhet maa gaa haand i haand», hevdet han: «Staten representerer tvangen, foreningen mildheten. Først når begge deler virker sammen og supplerer hinanden kan resultatet bli gaat». Myndighetene lagde og håndhevet en rekke lover som kriminaliserte en reisende livsform.

Misjonen fikk ansvaret for å iverksette hjelpetiltakene overfor gruppen som myndighetene betalte for. Denne arbeidsdelingen, som varte helt fram til slutten av 1980 årene, fikk mange til å kalle Misjonen for et statlig «taterdirektorat».

Etableringen av Norsk misjon blant hjemløse og deres arbeid med omstreiferne har blitt kalt en av de mørkeste kapitlene i norsk sosialhistorie. Mange av reisende slekt fikk et ambivalent forhold til organisasjonen. 

På en side var Misjonen hatet og fryktet. De bestemte hvem som var skikket til å beholde sine egne barn, og de førte en nøye kontroll av reisende rundt om i landet. På den annen side opptrådte Misjonen som omstreifernes redningsmann. Norsk misjon blant hjemløse hadde en nær og direkte kontakt med romanifolket, og var ofte det eneste stedet der de kunne få hjelp. Misjonen «visste best», og generalsekretæren ble en form for «far» for mange reisende, som var bedre i stand til å ta viktige avgjørelser enn de reisende selv. Kanskje var nettopp dette noe av det farligste med misjonen? Ett stolt folk ble opplært til å ikke lenger stole på sin egen vurderingsevne (Marvik 1983, Hvinden 2000 og 2001, Pettersen 2005).

Da særomsorgen for romanifolket omsider ble nedlagt følte mange lettelse, mens andre lurte på hvem som nå skulle ta vare på dem. De følte at misjonen var de eneste som virkelig kjente deres situasjon, og de hadde gjennom sitt mangeårige virke fått en kunnskap om folket som ikke fantes rundt på kommunalt nivå.

En tredjedel av alle barn av romanislekt, noe som utgjør mellom 1100 og 1500 barn, ble tatt fra sine foreldre og plassert i barne- eller fosterhjem i perioden mellom 1900 og til 1960.

Svanviken arbeidskoloni (fra 1973 Svanviken familiesenter) ble åpnet i 1908 og nedlagt i 1989. Til sammen hadde 990 barn og voksne med romanibakgrunn opphold på Svanviken i denne perioden.

Bergfløtt arbeidskoloni for hjemløse åpnet i 1911. I perioden fra 1911 til 1940 hadde 834 menn opphold på Bergfløtt (Lyngstad 1947).